父親が死亡して、長男が葬式の喪主になり費用を負担しました。
思いのほか多くの方が葬儀に訪れたため、香典が多く集まり葬儀の費用を払ってもあまりがでました。
この余った香典はどういった扱いになるのでしょうか？遺産分割の対象にはならないのでしょうか？

よって、喪主が受け取り、葬式費用などにあてるのが通常です。
そしてあまりが出たのであれば、残りを遺族で分けるというのも理にかなっていますが、相続財産ではないので、当然に分けるというものではありません。